刘秀则“知天下疲耗，思乐息肩。自陇、蜀平后，非儆急，未尝复言军旅”。
建武二十七年（51年），功臣朗陵侯臧宫、扬虚侯马武上书：
请乘匈奴分裂、北匈奴衰弱之际发兵击灭之，立“万世刻石之功”。
刘秀下诏说：“今国无善政，灾变不息，
人不自保，而复欲远事边外乎！不如息民。”
刘秀勤于政事，“每旦视朝，日仄乃罢，数引公卿郎将议论经理，夜分乃寐”。
多次发布释放奴婢和禁止残害奴婢的诏书，
使得自西汉末年以来，大量失去土地的农民沦为奴婢的问题得到了极大的改善，
也使得战乱之后大量土地荒芜而人口又不足的问题得到了解决。
实行轻徭薄税，为减少贫民卖身为奴婢，经常发救济粮，
减少租徭役，发展农业生产，兴修水利。
罢免贪官污吏，加强中央集权，同时，光武帝还大力裁撤官吏，
合并郡县，这样极大的减轻了人民的负担。
到刘秀统治的末期，人口数量达到了两千多万，增长了一倍还多，
经济也得到了极大的发展，历史上称其统治时期为光武中兴。
不过刘秀并未自满，表示“今国无善政，灾变不息，百姓惊惶，人不自保”
“即位三十年，百姓怨气满腹”，
后来又以日食为由要求百官上书言事时不得称自己为“圣”。
当时南阳郡新野县的阴丽华美貌庄重，刘秀早年就有“娶妻当得阴丽华”的愿望。
昆阳战后次年，刘秀乃如愿娶阴氏为正室。
婚后次年，刘秀为巩固与真定王刘扬的联盟，
再娶刘扬外甥女郭圣通并以之为正室，亦宠之。
郭氏与阴氏并为刘秀生下五子，及刘秀即位之初，并为贵人。
建武二年（26年）因阴氏族小辞后，
郭氏因得立为皇后，其长子强遂立为皇太子。
刘秀因此甚感有愧于阴氏，益加宠遇。
至建武十七年（41年），光武乃废郭氏，立阴氏为后。
建武十九年（43年），刘秀又以阴氏长子东海王阳聪敏有君人之度，
皇太子强又上表辞位。乃废强为东海王而以阳为皇太子。
阳改名庄，即日后之汉明帝。
建武中元（一作中元）二年（57年）二月戊戌日（二月初五），
刘秀在南宫前殿逝世，享年六十二岁。
遗诏说：“我无益于百姓，后事都照孝文皇帝制度，务必俭省。
刺史、二千石长吏都不要离开自己所在的城邑，
不要派官员或通过驿传邮寄唁函吊唁。”
刘秀死后不久，其子刘庄继位，于同年三月丁卯日，
葬刘秀于原陵，上庙号世祖、谥曰光武皇帝。
刘秀以优待功臣贵戚为名，赐以爵位田宅，高官厚禄，
而摘除其军政大权。刘秀鉴于西汉前期三公权重，权柄下移，
虽设三公之位，而把一切行政大权归之于设在中朝由皇帝直接指挥的尚书台。
尚书台设尚书令一人，秩千石，尚书仆射一人，
六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。
以下设有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝，由皇帝裁决。
从此，“天下事皆上尚书，与人主参决，乃下三（公）府”；
“虽置三公，事归台阁”，“三公之职，备员而已”。
但是到了东汉后期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，
从而权柄再度下移，尚书台又蜕变为权臣专政的工具。
刘秀鉴于西汉后期吏治败坏、官僚奢侈腐化的积弊，
即位以后，注意整顿吏治，躬行节俭，奖励廉洁，选拔贤能以为地方官吏；
并对地方官吏严格要求，赏罚从严。
因而经过整顿之后，官场风气为之一变。故有“内外匪懈，百姓宽息”之誉。
刘秀对吏治的要求以严苛着称，史载当时“天子勤吏治，
俗颇苛刻”“光武承王莽之余，颇以严猛为政”。
这也导致了一些高官以微罪或无罪而受严惩，
例如大司徒伏湛因为没有报告河南尹和司隶校尉在高庙争执而被罢官；
大司徒韩歆因为多次直言进谏而被罢官，终至受责自杀；
大司徒戴涉因所举荐的太仓令犯罪而死于狱中；
大司空宋弘因在没有证据的情况下弹劾上党太守而被罢官；
大司空朱浮因“卖弄国恩”而被罢官，等等。
这种过于严苛的做法也受到了一些批评。
建武六年（30年），刘秀令司隶州牧各实所部，
省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。
于是刘秀下诏：“并省四百余县，吏职减损，十置其一。”
刘秀善待功臣，分封三百六十多位功臣为列侯，
给予他们尊崇的地位，只解其兵权。
并且招揽大批文吏入朝。刘秀于建武六年（30年）让功臣列侯回到自己的封地。
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